La ISO 9001:2000 ha lo scopo di stabilire i requisiti del sistema di gestione per la qualità che devono essere soddisfatti quando un'azienda/organizzazione (di qualsiasi tipo e dimensione) deve dimostrare (al cliente o all'organismo di certificazione) la propria capacità di fornire prodotti e/o servizi conformi.
Essa può essere utilizzata per scopi contrattuali e di certificazione dei sistemi di gestione per la qualità delle stesse organizzazioni/aziende.

La ISO 9004:2000, invece, ha lo scopo di fornire una guida per il miglioramento del sistema di gestione per il miglioramento delle prestazioni e il raggiungimento dell'eccellenza dell'organizzazione/azienda.
Essa riporta tutti i requisiti della ISO 9001:2000 e diversi altri, in quanto orientata sia alla soddisfazione dei clienti, sia delle altri parti interessate (titolari/soci, personale dell'organizzazione, fornitori e/o partner, società/collettività interessata al comportamento dell'organizzazione verso l'ambiente, la sicurezza, la salute, il risparmio energetico). Non può però essere utilizzata per scopi contrattuali o di certificazione.